تأسس قسم إدارة المياه والبيئة في بداية العام الدراسي (1999) بهدف بناء برنامج أكاديمي على مستوى البكالوريوس، ويهدف إلى تخريج كوادر علمية تشارك في دراسة المشكلات البيئية محليًا، وتقديم الحلول لها.
كما تهدف إلى إمداد السوق المحلي والعربي بكفاءات متخصصة في مجالات تخطيط وإدارة وتنمية الموارد المائية، والحفاظ على البيئة بمختلف عناصرها.
يتميز القسم بتفرده على المستوى المحلي والإقليمي بكونه القسم الوحيد الذي يقدم دورات متنوعة وفريدة من نوعها تعنى بدراسة المشاكل البيئية، وتقديم الحلول المناسبة لها.

كما يرتبط القسم ارتباطًا وثيقًا بالمجتمع المحلي من خلال استكمال البحث العلمي الذي يساعد في حل العديد من المشكلات المتعلقة بالمياه والبيئة والتلوث، خاصة في محافظة الزرقاء التي تعاني من مشاكل تلوث الهواء والتربة، والمياه والسطحية والجوفية.