يضم قسم العلوم الطبية المخبرية في الجامعة الهاشمية مجموعة من المختبرات العلمية:
1. مختبر الكيمياء الحيوية والسريرية.
2. مختبر علم الدم وبنك الدم.
3. مختبر الأحياء الدقيقة. 
4. مختبر المناعة. 
5. مختبر الأنسجة.
6. مختبر الوراثة والبيولوجيا الجزيئية.