يتكون قسم الكيمياء الصيدلانية من من مختبرات تدريسية متعددة، تهتم بإعطاء الطلبة الخبرات التعليمية المختلفة والمتعددة؛ لصقل شخصيتهم المعرفية في مجال تحليل الدواء واكتشافه، وأهم هذه المختبرات:

1.مختبر العقاقير والنباتات الطبية.
2.مختبر الكيمياء الدوائية.
3.مختبر الكيمياء العضوية.
4.مختبر التحليل الآلي.
5.مختبر الكيمياء التحليلية.
 
أما بالنسبة للمختبرات البحثية في قسم الكيمياء الصيدلانية فهي :
1.مختبر بحثي في مجال كيمياء وتصنيع الدواء.
2.مختبر تصميم الأدوية واكتشافها بواسطة الحاسوب.
3.مختبر التحليل البحثي HPLC.
4. مختبر تصميم الأدوية باستخدام الكمبيوتر  (computer-aided drug design lab)