يحتوي قسم الهندسة الطبية الحيوية على مرافق البحث التالية:

- مختبر أبحاث الأجهزة الطبية الحيوية (1).
- مختبر أبحاث الأجهزة الطبية الحيوية (2).
- مختبر أبحاث معالجة الصور الرقمية.
- مختبر أبحاث الميكانيكا الحيوية وهندسة إعادة التأهيل.
- مختبر الطاقة الطبية الحيوية ومرفق أبحاث القياس عن بعد.